Après son terrible combat contre l'ignoble Fun-Frock, qui avait soumis toute la planète, notre héros Twinsen passe désormais des jours heureux dans son univers redevenu paisible.

 Mais le calme ne dure jamais, et cette nouvelle aventure débute avec l'arrivée d'une tempête, dont la violence inhabituelle inquiète les habitants de la planète Twinsun. Les sombres nuages et les éclairs aveuglants menacent toutes les îles de ce gentil petit paradis...

 Alors qu'il tente de rejoindre l'île de la citadelle, le Dino-Fly, une sorte de petit dinosaure volant dont la principale caractéristique est d'être le grand ami de Twinsen, est frappé par un éclair. Il tente courageusement de retrouver son équilibre, mais ses ailes blessées ne lui accordent plus la portance dont il a besoin pour surfer sur les vents. Par conséquent, il termine violemment sa trajectoire quelques mètres derrière la maison de Twinsen !

 C'est Zoé, la compagne de notre héros, qui le voit s'écraser. Par bonheur, l'animal n'est que blessé. Mais il souffre et Twinsen s'empresse donc d'aller chercher de quoi le soigner.

 Un Dino-Fly n'est pas un personnage comme les autres, c'est pourquoi notre héros doit se rendre sur l'île du désert pour quérir l'aide d'un mage guérisseur...

 Mais la tourmente a redoublé d'intensité, et toutes les communications sont désormais coupées entre les îles !

 Courant au travers de la bourrasque, notre héros devra affronter le Tralü, le légendaire monstre des falaises de la citadelle, pour aider le mage météo à affronter l'ouragan. Perché sur le phare, le magicien finira par clamer l'incantation qui dissipera les nuages tourmentés!!

 Mais la première grande surprise du jeu apparaît alors, avec l'arrivée d'appareils étranges qui surgissent dans le ciel ! Avant que quiconque n'ait pu bouger, ils se posent au centre ville.